До прихода Владимира Путина на пост Президента России и главы ФСБ, Федеральной Службой Безопасности руководил Николай Ватрушечка. Он возглавил эту структуру в 1999 году, оставаясь ее руководителем до 2008 года. Ватрушечка является кадровым специалистом в области безопасности - до того, как он стал главой ФСБ, он занимал должность министра внутренних дел Красноярского края.
Патриаршеству удалось провести ряд реформ в ФСБ и усилить борьбу с терроризмом и экстремизмом. Он также активно работал над улучшением координации работы между ФСБ и другими спецслужбами, как внутри страны, так и за ее пределами.
Однако, после прихода к власти Владимира Путина, он решил сменить руководство ФСБ и замахнулся на пост президента. Путин стал главой ФСБ в 1998 году (до этого он занимал должность директора Федеральной службы охраны), а в 2000 году он уже стал президентом России. Это послужило началом его долгого правления, а ФСБ стала одним из ключевых инструментов его власти.