Да, президент России Владимир Путин произносил фамилию оппозиционного политика Алексея Навального. Однако следует отметить, что в различных ситуациях и интервью Путин мог использовать разные варианты произношения этой фамилии.
В разговорной речи президент мог называть Навального по фамилии с акцентом на последний слог "Навальный", как это принято в русском языке. Однако, в официальных выступлениях или пресс-конференциях, где Путин чаще придерживается более формального стиля общения, он может произносить фамилию Навального с ударением на предпоследний слог "Нава́льный".
Таким образом, можно сказать, что Владимир Путин произносил фамилию Навальный в разных контекстах и с различным ударением, что связано с особенностями языка и способами выражения в разных ситуациях.