Нет, Путина не судили в 1999 году. В этом году Владимир Путин стал первым президентом России. В начале года, при Президенте Борисе Ельцине, Путин был назначен руководителем Федеральной службы безопасности (ФСБ), затем стал премьер-министром и в результате отставки Ельцина стал исполняющим обязанности президента.
Осенью 1999 года состоялись выборы президента России, на которых Владимир Путин победил с большим отрывом. Он был избран президентом и вступил в должность в декабре 1999 года. Судебного разбирательства или обвинений в его адрес в этот период не было.
Таким образом, в 1999 году не было судебного процесса против Путина, так как он только начинал свою карьеру президента России.