Путин посадил Ходорковского в 2003 году по обвинению в хищении нефти и налоговых махинациях. Ходорковский был основателем и главным акционером нефтяной компании "ЮКОС", которая была одной из крупнейших в России. Его активная политическая деятельность и намерение финансировать оппозиционные партии вызвало беспокойство у власти.
Кроме того, перспектива того, что Ходорковский полностью контролировал бы сырьевой сектор экономики, не соответствовала стратегии Кремля по монопольному контролю государства над нефтегазовыми ресурсами. Усиливающийся влияние бизнесмена на политическую обстановку и его намерение вмешаться в принятие решений на высшем уровне привело к тому, что Путин решил избавиться от потенциального конкурента и недовольного оппозиционера.
Таким образом, причиной посадки Ходорковского можно считать его политическую активность, стремление к контролю над нефтяным бизнесом и финансовая деятельность, которая нарушала интересы российского государства и его лидера.